Nieprawidłowości w składzie mikrobiomu jelitowego mogą prowadzić do zaburzeń żołądkowo-jelitowych.  Są one częstą przyczyną wizyt u weterynarza. W tym przypadku często wspomaga się leczenie żywieniem. Żywienie wpływa na proporcję i skład mikrobioty. To jak pobierany przez zwierzę jest wchłaniany świadczy profil mikroorganizmów. Zwierzęta mięsożerne i roślinożerne mają inne rodzaje mikrobioty, które odpowiadają za dobre trawienie białek pochodzenia zwierzęcego, lub roślinnego. Organizm gospodarza posiada również konkretne enzymy trawienne do wybranego sposobu odżywiania. Wykazano, że zmiany w mikrobiomie zachodzą bardzo szybko, zmiana sposobu żywienia, różnice w zawartościach węglowodanów, białek i tłuszczów w znaczący sposób wpływają na mikroflorę bakteryjną u tych zwierząt. Zwierzęta przebywające na diecie odchudzającej charakteryzującej się wysoką zawartością biała, niskim poziomem tłuszczu i węglowodanów a wysoką zawartością błonnika będą mieć inną mikrobiotę w porównaniu do psów będących na diecie alergizującej, która posiada hydrolizowane średnie białko, wysoka zawartość tłuszczu, średnią ilość węglowodanów, niska zawartość błonnika. Psy na diecie odchudzającej w porównaniu do tych karmionymi dietą alergenną mają mniejsze zawartości Actinobacteria i Firmicutes oraz znacznie zwiększone proporcje Fusobacteria.

Probiotyki są powszechnie stosowane w celu poprawy mikrobiomu jelitowego. Te żywe mikroorganizmy są w szybko stanie zmieniać mikrobiom gospodarza,  wpływają na reakcje metaboliczne, przyczyniają się do zmiany obfitości bakterii chorobotwórczych lub pośrednio komunikować się z układem odpornościowym. Jednak warto wiedzieć, że sukces zasiedlenia mikrobiomu rezydentnego przez probiotyk zależy cech mikrobiomu gospodarza, jak i jego organizmu-jego żywienia. Dodatkowymi korzyściami ze stosowania prebiotyków wspieranie modulacji układu immunologicznego, pomoc w utrzymaniu stresu, wspomaganie organizmu przed infekcjami wywołanymi przez enteropatogeny, wspomaganie tempa wzrostu i rozwoju, oraz pomoc w kontroli zaburzeń alergicznych. Ostatnio nawet pojawiły się informacje o wsparciu radzenia sobie z  otyłością.

Prebiotyki są niestrawnym składnikiem żywności, który korzystnie wpływa na gospodarza, stymuluje on wzrost, aktywność i rozwój bakterii w okrężnicy, a tym samym poprawia zdrowie gospodarza. To tej grupy należą drożdże Yarrowia lipolytica. Dodawanie prebiotyków do codziennej diety psa może przynosić wiele korzyści. Dowiedziono, że psy karmione dietą drożdżami/cykorią charakteryzują się lepszym funkcjonowaniem układu pokarmowego, ich stolec ma lepszą konsystencję, co jest szczególne ważne w przypadku zwierząt z przewlekłymi biegunkami, zwiększoną ilością pożytecznych bifidobakterii, a ilością niepożądanych Clostridium perfringens. Dlatego włączenie prebiotyków do diety zwierząt domowych może korzystnie modulować mikrobiotę jelitową i zdrowie jelit oraz prawdopodobnie chronić zwierzęta przed infekcjami jelitowymi.

Węglowodany złożone to powszechnie występują w dietach psów i kotów. Są źródłem błonnika, frakcji nierozpuszczalnych i rozpuszczalnych i celulozy. Komponenty takie jak kukurydza, owoce, ryż, owiec, jęczmień są źródłami węglowodanów złożonych. Mimo że występuje mit, że produkty te są niepożądane w diecie psów i kotów to są dobrymi substratami dla mikrobiomu jelitowego. Rośliny są bogate we włókna, które w zależności od rodzaju mają specyficzne właściwości fizyczne i chemiczne. O działaniu włókna w przewodzie pokarmowym wpływa wielkość cząstek, objętość, charakterystyka powierzchni i właściwości hydratacyjne. Te czynniki świadczą o jego dostępność do rozkładania przez mikrobiotę.

Biorąc pod uwagę badanie profilu mikrobioty u kotów najbardziej pożądanym sposobem żywienia wydaje się być dieta o umiarkowanej zawartości białka i umiarkowanej zawartości węglowodanów. Wówczas  obserwuje się większe ilości Actinobacteria, Dialister, Acidaminococcus, Bifidobacterium, Megasphaera i Mitsuokella oraz mniejsze Fusobacteria. Taki profil korzystni wpływa na zdrowie jelit. Natomiast badania mikrobioty na grupie psów udowodniły, że karmy wysokowęglowodanowe z dużymi ilościami skrobi prowadzą do zmniejszenia ilości amoniaku w kale. Natomiast zbyt duża ilość wysokobiałkowych produktów ubocznych przyczynia się do podwyższenia pH, oraz sukcesywnego obniżenia zawartości kwasu propionowego i octowego a podwyższenia zawartości rozgałęzionych kwasów tłuszczowych i kwasu walerianowego. Takie zmiany w mikrobiocie często dają o sobie znać, a zwierzę cierpi na biegunkę. 

Ciąg dalszy za tydzień-o mikrobiocie skóry i jamy ustnej!